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几乎毫无疑问，这个皇帝和首辅连手推出的中枢官制变革计划得到了总理会议的通过。
首辅袁继咸依然领导内阁，但权力却比之过去大了许多，过去内阁群辅制度，现在却完全是首辅负责制，其它的次辅和群辅，完全就是他的佐贰和副手们了。
同为三大系统之一的司法系统，新设的御史大夫一职，皇帝直接交给了刘宗周。这位原先丁优守制在家的前朝顾命大臣之一，最终还是接受了大汉天子的诏书，赴京就任。刘钧选了刘宗周来做这第一任御史大夫，也是因为刘宗周这人的性格和品性，比较固执，但也算是众臣里比较能坚持比较有操守的了。
刘宗周主掌御史台，统领都察院和大理寺。
原左都御史倪元路没能担任御史大夫这一职务，而是被刘钧调到了议院，授为参议大夫。原内阁大学士姚明恭因年迈辞去内阁职务，刘钧授他为众议大夫，主持众议院，其实也就是安排他去那里养老挂个名。
这三大系统设立分离后，原来京中的各部衙也都分别归属。各部寺司署局，都划归内阁统领。
都察院、大理寺、锦衣卫、东厂则都划归到御史台。
六科和中书官员多转为参议员。
总理处和军机处这两个特别衙门依然保留着，他们继续做为皇帝的行政和军事咨询顾问机构存在。
而枢密院不隶属三大系统，单独存在，直接隶属皇帝。
内阁首辅、次辅、御史大夫、左都御史、大理寺卿、参议长、从议长、左枢密使、司礼监提督九人加总理参政衔。
左右枢密使、兵部尚书、总参谋长、直隶总督、侍卫亲军提督、九门提督七人加军机参赞衔。
有皇帝和重臣们的支持，这次最上层的改革倒是推行的很顺利，很快，三大系统分家，各部衙各自隶属新的上级。
人员的变动不大，袁继咸继续是首辅，次辅则以原民务卿李邦华升任。而下面的七个群辅，则以吏、兵、礼、刑、工五部尚书以及财务卿和税务卿兼任。
议院也迅速的成立了，参议院一百名参议员直接满额，众议员一千名额，也很快就都授满了，众议员的名额充分的按照皇帝的意思，是要让士农工商各阶层的都参与进来，参政议政，因此既有退休的高级官员，也有一些未出仕的进士举人，还有一些乡绅地主、商贾，甚至是工匠和农夫。也有一些蒙古的诸侯，还有比如僧道代表等等，总之是各式各样的人都有。