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1957年12月15日，胡适在给老友赵元任的信中披露了他的心声，中研院是先贤蔡元培和丁文江等自由派知识分子创立的一个成果，向来奉行学术独立与思想自由，不受政治干扰，为捍卫学术尊严和自由精神，胡适最终决定出任中研院院长。
1958年4月2日胡适从纽约启程，4月8日抵台北，“副总统”陈诚率高级官员以及文化教育界人士约500多人到机场迎接。4月9日蒋介石在士林官邸以茶点款待胡适。
1958年4月10日上午，“中央研究院”史语所考古馆楼上群贤毕至、大师云集，新任院长在此举行就职典礼仪式，胡适正式接受了“中央研究院”的院长职务。
他在典礼上讲话说：“我已经六十七岁了，照西洋的看法已过了六十六岁。学术界有个普遍的规矩，年满六十五岁的学者退休之后，可以做他自己喜欢做的事，把研究工作让生力军补上。我已过了退休年龄一年有半，应该退休，享我退休的权利，做我自己喜欢做的事：看书、写文章。但在这个时候，国家艰难，而时代已进入原子能科学时代，国家需要科学，国家需要学术基础，而我们应为国家努力建立学术科学研究的基础，何况我们对中央研究院三十年来都有密切的关系。希望各研究所所长，各位研究员同人同我一致向这个目标前进。”
随后召开了“中央研究院”第三次院士会议。蒋介石“总统”与陈诚“副总统”到会祝贺。
胡适以“中央研究院”新院长身份宣布院士会议召开，首先邀请蒋介石致辞。蒋介石事先并没有准备讲稿，所以是即兴讲话。
蒋介石在致辞中说：“我对胡先生，不但佩服他的学问，他的道德品格我尤其佩服。不过只有一件事，我在这里愿意向胡先生一提，那就是关于提倡打倒孔家店。当我年轻之时，也曾十分相信，不过随着年纪增长，阅历增多，才知道孔家店不应该被打倒，因为里面确有不少很有价值的东西。”讲完这些后，蒋介石接着对“中央研究院”工作提出明确要求，“中央研究院不但为全国学术之最高研究机构，且应担负起复兴民族文化之艰巨任务”，要配合当局“早日完成反.共抗俄使命”。